Los hermanos regresan para una nueva aventura en alta mar. Zarpa con Mario y Luigi en Shipshape Island (mitad barco, mitad isla) y viaja a través del vasto mundo de Concordia. Lánzate desde el cañón de Shipshape para visitar, explorar y recorrer islas que van desde selvas tropicales hasta ciudades bulliciosas. Conoce nuevos amigos en el camino, como Connie y Snoutlet (que definitivamente no es un cerdo), y encuentra caras familiares del Reino Champiñón como Peach y Bowser, quienes pueden ayudarte en tu viaje.