La versión para Wii U de esta entrega de Ninja Gaiden, llega con la posibilidad de controlar a Ayane de forma exclusiva. Además traerá mayor dificultad, nuevas armas, sistema de niveles y mucho mas. Ha salido en dicha consola el 18 de noviembre del 2012, pero se ha anunciado su versión para Playstation 3 y Xbox 360, que saldrá el día 2 de abril del 2013.